Το έδαφος του νομού είναι κυρίως ορεινό, όπου δεσπόζει επιβλητικό το μεγάλο όρος Ίδη (ο Ψηλορείτης), το μεγαλύτερο βουνό του νησιού, και του οποίου οι κορυφές είναι πάντα χιονισμένες. Στα νότια του νομού σχηματίζεται το φαράγγι και το ποτάμι του Κουρταλιώτη (το όνομα οφείλεται στα κούρταλα, τα χειροκροτήματα που νομίζει κανείς ότι ακούγονται όταν φυσάει αέρας στο φαράγγι)  σε μήκος 2000 μ. με ψηλά κι απότομα βράχια. Σε αυτό το έδαφος σχηματίζονται μόνο μικρές πεδινές εκτάσεις, όπως αυτή του Ρεθύμνου, του Μυλοποτάμου και του Αγίου Βασιλείου αλλά και το οροπέδιο της Νίδας  πάνω στον Ψηλορείτη.

 Ο Μυλοπόταμος  είναι ο κυριότερος ποταμός καθώς όλοι οι υπόλοιποι είναι μικρότεροι. Οι ακτές του νομού δε σχηματίζουν πολλούς κόλπους, εκτός του κόλπου της Μεσσαράς στα νότια, που μοιράζεται με το γειτονικό νομό Ηρακλείου, αλλά υπάρχουν αρκετά ακρωτήρια, όπως το Μαλέτσι, ο Λιάνος, ο Κάβος, το Κακό, το Μουρί, η Μέλισσα και το ακρωτήριο της Κορακιάς.

 Η πρωτεύουσα και μεγαλύτερη πόλη του νομού είναι το Ρέθυμνο, μια πολύ όμορφη πόλη που παρ’ όλη την οικιστική και τουριστική ανάπτυξη διατηρεί τη γοητεία και τον ιδιαίτερο χαρακτήρα της. Άλλοι οικισμοί που ξεχωρίζουν είναι τα Ζωνιανά και τα Ανώγεια πάνω στον Ψηλορείτη, που αποτελούν δημοφιλείς προορισμούς κι αξιοθέατα, όπως και το χωριό Σπήλι νοτιότερα.

 Ως άλλη μια νησιωτική, και ειδικότερα κρητική, περιοχή, διακρίνεται για τις παραλίες του εκ των οποίων οι καλύτερες βρίσκονται στο νότιο τμήμα του νομού. Είναι, βεβαίως, στην Πρέβελη, στην έξοδο του κουρταλιώτικου φαραγγιού, η παραλία του Φοίνικα με το υπέροχο τοπίο τόσο της παραλίας όσο και της διαδρομής μέχρι εκεί. Τα φοινικόδεντρα, το ποτάμι και οι μικρές λίμνες ανάμεσα στα βράχια δίνουν στο μέρος μοναδική ομορφιά.

 Φοίνικες μπορεί κανείς να βρει στη παραλία Σούδα, που βρίσκεται στον όρμο του Πλακιά. Πολύ κοντά εκεί βρίσκονται και άλλες θαυμάσιες παραλίες, όπως στο Δαμνόνι (που είναι και πόλος έλξης γυμνιστών), στο Αμμούδι και στα Σκινάρια. Σε μεγάλο παραθεριστικό κέντρο έχει εξελιχθεί η Αγία Γαλήνη, κοντά στα νότια σύνορα με το Ηράκλειο, με βραχώδεις ακτές και μεγάλη τουριστική κίνηση.

 Ιδιαίτερα εντυπωσιακή είναι η παραλία του οικισμού Άγιος Παύλος λόγω των εντυπωσιακών σχηματισμών που δημιουργούν τα γύρω πετρώματα. Στη βόρεια ακτή του νομού οι παραλίες που ξεχωρίζουν είναι το Μπαλί, ένα πολυσύχναστο θέρετρο με καθαρά νερά, στη θέση του επινείου του αρχαίου οικισμού, όπου σήμερα είναι το χωριό Αξός, και το γραφικό παραθαλάσσιο χωριό Πάνορμος, που είναι από τα σημαντικότερα παραθεριστικά σημεία του νομού.