Δίπλα στην νέα πόλη του Ρεθύμνου, δίπλα στη σύγχρονη οικοδομική δραστηριότητα, βρίσκεται η παλιά πόλη με εμφανή τα κατάλοιπα του περάσματος πολλών ανθρώπων και πολιτισμών ανά τους αιώνες. Μέσα στην παλιά πόλη, λοιπόν, μπορεί κανείς να συναντήσει τα διατηρητέα βενετσιάνικα κτήρια με τις χαρακτηριστικές τους προσόψεις, σπίτια παλιότερων εποχών, και να περιπλανηθεί μέσα σε στενά δρομάκια.
Η Φορτέτσα είναι το φρούριο που έχτισαν οι Βενετοί το 1573, μετά από επίθεση πειρατών που έκαψαν και λεηλάτησαν την πόλη, για να προστατευτούν από τις επιδρομές από θαλάσσης. Της ίδιας εποχής είναι και το βενετσιάνικο λιμάνι, η Λόντζια και η Κρήνη Rimondi, με την περίτεχνη γλυπτή διακόσμηση, όπου το νερό τρέχει από τα στόματα τριών λιονταριών.
Ο ναός του Αγίου Φραγκίσκου (οδός Εθνικής Αντιστάσεως) είναι μια μονόκλιτη βασιλική με στολισμένη είσοδο κι εντυπωσιακή αναγεννησιακή αρχιτεκτονική και ήταν το καθολικό μοναστηριού Φραγκισκανών μοναχών. Βασιλική με τρία κλίτη είναι ο ναός της Κυρίας των Αγγέλων, που ήταν αφιερωμένος στην Αγία Μαρία τη Μαγδαληνή του τάγματος των Δομινικανών μοναχών. Υπάρχουν όμως και τούρκικα τζαμιά, που εντυπωσιάζουν με τις θόλους και τους μιναρέδες τους, όπως είναι το Καρά Μουσά Πασά και το Βελή Πασά τζαμί αλλά και το Νερατζέ τζαμί που είναι το ψηλότερο και βρίσκεται στην βενετσιάνικη πλατεία της πόλης.
Ενδιαφέροντα μέρη και μνημεία υπάρχουν και αλλού στο νομό. Κοντά στους βόρειους πρόποδες του Ψηλορείτη βρίσκεται το χωριό Αξός, όπου έχουν ανασκαφεί ερείπια κυκλώπειων τειχών, υστερομινωικά όστρακα και άλλα λείψανα από μια πόλη που ιδρύθηκε την περίοδο της εισβολής των Δωριέων στο νησί και που επέζησε ως και την βυζαντινή εποχή. Η αρχαία πόλη της Ελεύθερνας, 37 χλμ. ΝΑ του Ρεθύμνου, ήταν γνωστή στην αρχαιότητα ως Απολλωνία. Εδώ πιστοποιείται η λατρεία του Απόλλωνα και της Αρτέμιδος. Σώζονται λείψανα του αρχαίου τείχους, του υδραγωγείου και των δεξαμενών της κλασσικής περιόδου αλλά και αρχαϊκός κορμός γυναικείου αγάλματος, που βρίσκεται στο μουσείο του Ηρακλείου.
Πολύ σημαντικές είναι και οι μονές και τα μοναστήρια του νομού. Ιστορικής σημασίας είναι η Μονή Αρκαδίου, που βρίσκεται κεντρικά του νομού. Η εκκλησία χρονολογείται στα 1587 και βρίσκεται σε ένα πολύ όμορφο φυσικό τοπίο. Κατά επανάσταση του 1866 εναντίον των Τούρκων οι κάτοικοι της περιοχής και οι καλόγεροι κλείστηκαν στο μοναστήρι με πολλά πυρομαχικά και μπαρούτι και αντιστάθηκαν σε επίθεση 15000 Τούρκων για δύο ημέρες. Όταν πια εισέβαλαν οι Τούρκοι, οι υπερασπιστές της μονής με επικεφαλής τον ηγούμενο Γαβριήλ έβαλαν φωτιά στην πυριτιδαποθήκη και θάφτηκαν όλοι μαζί με τους εισβολείς στα ερείπια. Από τότε αποτελεί σύμβολο της αντίστασης και του αγώνα για την ελευθερία.
Στα νότια παράλια, στο χωριό Πρέβελη, στην έξοδο του κουρταλιώτικου φαραγγιού μέσα σε πολύ πυκνή βλάστηση, υπάρχει η ομώνυμη μονή. Ο δίκλιτος ναός, που είναι αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη το Θεολόγο, χτίστηκε το 16ο αιώνα και ανακαινίστηκε το 1911. Έχει μουσείο και βιβλιοθήκη, ενώ ο επισκέπτης μπορεί να απολαύσει την τοποθεσία αλλά και την υπέροχη θέα προς το Λιβυκό πέλαγος.
Σε ένα τέτοιο ορεινό τόπο τα βουνά και τα πολλά σπήλαια που έχουν δημιουργηθεί, αποτελούν μέρη ιδιαίτερης ομορφιάς. Η παρουσία του ανθρώπου στα σπήλαια είναι γνωστή ήδη από την προϊστορική εποχή που τα χρησιμοποιούσε είτε ως χώρους εγκατάστασης και κατοίκησης, είτε ως χώρους λατρείας. Το Σπήλαιο Σφεντόνη στους πρόποδες του Ψηλορείτη βρίσκεται κοντά στο χωριό Ζωνιανά, σε υψόμετρο περίπου 800 μ., και είναι το πλουσιότερο σε φυσική ομορφιά σπήλαιο στο νησί. Το Ιδαίον Άντρο, πάνω στον Ψηλορείτη στο οροπέδιο της Νίδας, ήταν πολύ ιερός χώρος καθώς, σύμφωνα με τη μυθολογία, εδώ έκρυψε η Ρέα τον νεογέννητο Δία από τον πατέρα του, τον Κρόνο, που θα τον σκότωνε φοβούμενος πως θα του πάρει την εξουσία. Λατρευτικά σκεύη, αγαλματίδια και ασπίδες που βρέθηκαν εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου.
Επίσης υπάρχει το σπήλαιο στο Γεράνι (δυτικά της πόλης του Ρεθύμνου) τόπος ενδιαφέροντος παλαιοντολογικού και αρχαιολογικού με ευρήματα που μπορεί κανείς να δει στο μουσείο του Ρεθύμνου, και το σπήλαιο του Μελιδονίου (26 χλμ. ανατολικά του Ρεθύμνου), που ήταν τόπος λατρείας από τη νεολιθική ως την αρχαϊκή εποχή και συνδέθηκε και με τη νεώτερη ιστορία του τόπου όταν μέσα εκεί θανατώθηκαν εκατοντάδες Κρητικών που είχαν κρυφτεί για να ξεφύγουν από το στρατό του Χασάν Πασά.
Υπάρχουν, βεβαίως, και πολλές τοποθεσίες και χωριά με ιδιαίτερο χαρακτήρα και ομορφιές. Τα Ανώγεια, στη βόρεια πλαγιά του Ψηλορείτη, είναι ένας οικισμός παραδοσιακός και ακόμα ένα ιστορικό μέρος της νήσου αφού υπήρξε εστία επανάστασης κι ελευθερίας, τόσο κατά την τουρκοκρατία όσο και κατά την γερμανική κατοχή. Οι άνθρωποι εκεί διατηρούν τα κρητικά έθιμα και τις παραδόσεις του παρελθόντος. Είναι επίσης πολύ γνωστά και τα παραδοσιακά υφαντά των Ανωγείων.
Στο χωριό Σπήλι, κεντρικά του νομού, υπάρχουν 25 βρύσες με νερό που έρχεται από τον Ψηλορείτη αλλά και η εκκλησία της Μεταμόρφωσης του Σωτήρα. Το χωριό Αργυρούπολη, ΝΔ του Ρεθύμνου, είναι μέσα σε πυκνή βλάστηση και πολύ κοντά του υπάρχουν πηγές τρεχούμενου νερού που θέτουν σε κίνηση νερόμυλους δημιουργώντας μια πολύ ειδυλλιακή εικόνα. Τα πιο χαρακτηριστικά ορεινά χωριά με γνήσια κρητικά χρώματα είναι το Αμάρι, το Γερακάρι, ο Φούρφουρος και βέβαια το χωριό Πλάτανος, που ξεχωρίζουν στα ΝΑ του νομού.