Η τριαντάχρονη αρχαιολογική έρευνα και σκαπάνη και οι τεράστιες προσπάθειες της αρχαιολόγου Δέσποινας Βαλλιάνου ( η οποία συν τοις άλλοις τιμά το Σμάρι ως μέλος του Δ.Σ. του πολιτιστικού συλλόγου) έφεραν στο φως και αποκάλυψαν τη μακρόχρονη ιστορική πορεία και διαδρομή του Σμαριού.
Οικισμοί, αγροικίες, ιερά, ναοί, νεκροταφεία των μινωικών και ιστορικών χρόνων, εντοπίζονται να αναπτύσσονται διαδοχικά ή και συγχρόνως γύρω από το σημερινό χωριό και το λόφο του Προφ. Ηλία (υψομ. 594 μ.) ο οποίος φαίνεται να αποτελεί διαχρονικά το επίκεντρο του λατρευτικού και οικιστικού ενδιαφέροντος. Ο σημαντικότερος αρχαιολογικός χώρος που εντοπίζεται και ανασκάπτεται στην ευρύτερη περιοχή του δήμου Καστελίου είναι η κορυφή του λόφου του Προφ. Ηλία η λεγόμενη Τρουλί με τη σημαντική και ουσιαστική συνδρομή και βοήθεια όλων των κατοίκων του χωριού και του προέδρου του Γιάννη Καλυκάκη. Η κορυφή αυτή δεσπόζει σ' όλη τη νότια Πεδιάδα και είναι ορατή παρέχοντας θέα και εποπτεία στη βόρεια κεντρική Κρήτη, σ' όλες τις πεδινές και λοφώδεις περιοχές μεταξύ των Λασηθιώτικων βουνών και του Ψηλορείτη ως τη νήσο Ντία και το Κρητικό πέλαγος, δηλαδή αποτελούσε σημαντικό στρατηγικό σημείο για τις προηγούμενες χιλιετίες.
Στη θέση αυτή (Τρουλί) αποκαλύπτεται ένα σύνολο κτιρίων και μεγάρων που περιβάλλεται από ισχυρό περίβολο κατά το πρότυπο των Ακροπόλεων, που ονομάσθηκε Ακρόπολις Σμαρίου ενώ γύρω από τη θέση αυτή απλώνεται ένας εκτεταμένος οικισμός. Η συστηματική αρχαιολογική ανασκαφή έφερε στο φως οικοδομήματα, μέγαρα, ιερά και πλήθος λατρευτικών αγγείων, πήλινων ειδωλίων, πυθαριών, μεταλλικών και λίθινων εργαλείων, σφραγίδων, κοσμημάτων και χιλιάδες οστών ζώων που αποδεικνύουν τη συστηματική και διαχρονική κατοίκηση του χώρου από τη Νεολιθική εποχή (γύρω στα 3000 π.Χ.) ως τα τέλη περίπου του 7ου αιώνα π.Χ., οπότε και ο οικισμός της κορυφής του Προφ.Ηλία εγκαταλείφθηκε σταδιακά και ο πληθυσμός εγκαταστάθηκε στις πεδινές και ευκολότερα βιώσιμες θέσεις. (Μετά την εγκατάλειψη της κορυφής σιγά-σιγά ο πέτρινος περίβολος κατέρρευσε δημιουργώντας το πέτρινο Τρουλί). Έτσι, μινωικές εγκαταστάσεις έχουν εντοπισθεί στο Σμαριανό κάμπο ενώ υπάρχουν ενδείξεις για οικιστικές εγκαταστάσεις στους κλασσικούς ελληνιστικούς και ρωμαϊκούς χρόνους (θέση «Λενικά» - θέση «Σπιτάκια» - λόφος Λειβαδίτσα).