Στον ενετικό ναό του Αγίου Φραγκίσκου (Χάληδων 25) στεγάζεται το αρχαιολογικό μουσείο των Χανίων με σημαντικά ευρήματα από τη γεωμετρική, αρχαϊκή, ελληνιστική και ρωμαϊκή εποχή, όπου συμπεριλαμβάνονται εκτός των άλλων αγγεία, ειδώλια, κοσμήματα αλλά και αρχείο των πινακίδων με τη Γραμμική Γραφή Α και Β.

Στο Ναυτικό Μουσείο της Κρήτης, στο μόλο του βενετσιάνικου λιμανιού, εκτίθενται κειμήλια που δείχνουν τη στενή σχέση του κρητικού λαού με τη θάλασσα τόσο στο εμπόριο όσο και στους πολέμους.

Υπάρχουν παράλληλα και μικρότερα μουσεία, όπως το Μουσείο Ιστορίας και Λαϊκής Τέχνης στο Γαβαλοχώρι με δείγματα παραδοσιακής τέχνης και προϊόντων της περιοχής.