Στο Αρχαιολογικό Μουσείο του Ρεθύμνου, στην οδό Χειμάρρας, δίπλα στο Φρούριο, στην παλιά πόλη, υπάρχουν ευρήματα από τα νεολιθικά χρόνια ως και την εποχή της τουρκοκρατίας: ειδώλια, κοσμήματα κι άλλα ευρήματα από τα πολλά σπήλαια και τις γνωστές μινωικές θέσεις, και ρωμαϊκά αγάλματα και νομίσματα.

Στο Ιστορικό και Λαογραφικό μουσείο της πόλης (Μ. Βερνάρδου 28-30) μπορεί να δει ο επισκέπτης ιστορικά κειμήλια αλλά και προϊόντα λαϊκής τέχνης. Η Λόντζια στην παλιά πόλη είναι επίσης μουσείο με πολύ ενδιαφέρονται εκθέματα.