Από τις πολλές αρχαιολογικές τοποθεσίες του νομού τα σημαντικά ευρήματα φυλάσσονται στα αρχαιολογικά μουσεία που υπάρχουν στις πόλεις του Αγίου Νικολάου, της Ιεράπετρας, της Νεαπόλεως και της Σητείας. Πρόκειται για αντικείμενα των προϊστορικών χρόνων, από τη Ζάκρο και τις άλλες μινωικές θέσεις, χρονολογούμενα από την κλασσική περίοδο ως την εποχή της ρωμαϊκής κατάκτησης.

 Επίσης μεγάλος αριθμός ευρημάτων από την περιοχή αυτή βρίσκεται σήμερα και στο αρχαιολογικό μουσείο του Ηρακλείου. Στη Μονή Τοπλού υπάρχει μουσείο, όπου εκτίθενται δείγματα των τοιχογραφιών και των εκκλησιαστικών σκευών της μονής.

 Στο Λαογραφικό Μουσείο Σητείας μπορεί να δει κανείς προϊόντα λαϊκής τέχνης, όπως υφαντά κι εργόχειρα, παραδοσιακές φορεσιές κι αντικείμενα της παραδοσιακής ζωής περασμένων εποχών.