Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου (Ξανθουδίδου 1) είναι από τα μεγαλύτερα της Ελλάδας και συγκεντρώνει πολύ σημαντικά ευρήματα απ’όλο το νομό, ευρήματα ήδη από τη νεολιθική περίοδο, αντιπροσωπευτικά δείγματα των μινωικών χρόνων βεβαίως, γλυπτά της κλασσικής κι ελληνιστικής εποχής αλλά και μια μακέτα του ανακτόρου της Κνωσσού.

Το Ιστορικό Μουσείο (Λεωφόρος Καλοκαιρινού) περιέχει εκθέματα από την εποχή των Βυζαντινών, των Βενετών και των Τούρκων, ενώ εκτίθενται και αντικείμενα λαϊκής τέχνης, όπως και μια αναπαράσταση τυπικού παλιού κρητικού σπιτιού.

Αξιόλογο είναι και το Δημοτικό Μουσείο της Μάχης της Κρήτης και της Εθνικής Αντίστασης (Δούκα Beaufort και Μιραμβέλου) με κειμήλια από τον αγώνα κατά των γερμανικού στρατού.

Το Μουσείο Νίκου Καζαντζάκη στη Μυρτιά, το χωριό από όπου καταγόταν ο συγγραφέας, έχει ιδιαίτερο ενδιαφέρον. 

Δείγματα της χλωρίδας και της πανίδας του τόπου μπορεί κανείς να δει στο Μουσείο Φυσικής Ιστορίας στη λεωφόρο Σοφοκλή Βενιζέλου (κόλπος Δερματά) στο Ηράκλειο. Εκθέσεις εκκλησιαστικής τέχνης γίνονται στη Βασιλική Αγίας Αικατερίνης των Σιναϊτών (πλατεία Αγίας Αικατερίνης).