Ψηλά βουνά και εύφορες πεδιάδες συνυπάρχουν διαμορφώνοντας τη μορφολογία του εδάφους και επηρεάζοντας σημαντικά την ιστορία, την ιδιαίτερη προσωπικότητα του τόπου και των ανθρώπων.
Ορίζεται ανατολικά και δυτικά από δύο μεγάλους ορεινούς όγκους. Το όρος Δίκτη ανατολικά και το όρος Ίδη (ο Ψηλορείτης) δυτικά αποτελούν το φυσικό σύνορο με τους νομούς Λασιθίου και Ρεθύμνου αντίστοιχα.
Από τη βόρεια πλευρά αλλά και τη νότια ο νομός βρέχεται από θάλασσα. Βορείως του Ηρακλείου βρίσκεται το βραχώδες νησάκι Ντία. Το βλέπει κανείς ταξιδεύοντας με το πλοίο από τον Πειραιά λίγο πριν φτάσει στο λιμάνι.
Γενικά το έδαφος του τόπου αυτού είναι ορεινό αλλά υπάρχουν και πεδιάδες, όπως αυτή του Ηρακλείου και των Μαλίων στα βόρεια, ενώ στα νότια υπάρχει ο μεγάλος κάμπος της Μεσσαράς. Πάντως επίπεδες εκτάσεις υπάρχουν και πάνω στα βουνά, τα οροπέδια Καστελίου και Μονοφατσίου αποτελούν μέρη μοναδικής φυσικής ομορφιάς. Τα μεγάλα ποτάμια λείπουν από την περιοχή, όμως υπάρχουν μικρότερα , όπως είναι ο Γεροπόταμος στη Μεσσαρά και ο Αναποδάρης και ο Γιόφυρος βορειότερα.
Οι κάτοικοι βρίσκονται, είτε συγκεντρωμένοι στην πρωτεύουσα, είτε στις πολλές κωμοπόλεις και στα χωριά, που είναι διάσπαρτα σε όλη την έκταση του νομού. Εκτός του Ηρακλείου, της πρωτεύουσας, που είναι και το μεγαλύτερο λιμάνι του νησιού, άλλες σημαντικές θέσεις στα βόρεια είναι η Επισκοπή, η Τίλισσος , οι Γούρνες, και βέβαια η Αγία Πελαγία και τα Μάλια, ενώ κατεβαίνοντας στα κεντρικά ξεχωρίζουμε τον Κρουσσώνα, το Αρκαλοχώρι, τις Αρχάνες, το Καστέλι και το Θραψανό.
Στη νότια πλευρά οι οικισμοί που έχουν αναπτυχθεί ιδιαίτερα και αναδειχθεί σε σημαντικές πολιτείες, είναι το Αρκαλοχώρι, το Τυμπάκι, οι Μοίρες, η Άνω Βιάννος, ο Ζαρός, η Αγία Βαρβάρα κι ο Πύργος.
Στα βόρεια παράλια σχηματίζονται οι κόλποι του Ηρακλείου και των Μαλίων και το ακρωτήριο Σταυρός.
Οι καλές παραλίες σε αυτό το τμήμα δεν είναι πολλές. Παρ’όλα αυτά κάθε καλοκαίρι η Χερσόνησος και τα Μάλια γεμίζουν από τουρίστες που διασκεδάζουν. Θα μπορούσαμε όμως να ξεχωρίσουμε επίσης την Αγία Πελαγία, τις Γούβες, τη Σταλίδα, την Αμμουδάρα, τα Λινοπεράματα και την Αμνισό. Στα νότια παράλια δεσπόζει ο μεγάλος κόλπος της Μεσσαράς, που στο μυχό του έχει το ακρωτήριο Λίθινο, το νοτιότερο σημείο του νησιού. Στην πλευρά αυτή του νομού οι όμορφες παραλίες είναι αρκετές. Υπάρχει το Καλαμάκι, τα Μάταλα με τις πασίγνωστες σπηλιές, τουριστικός προορισμός εδώ και δεκαετίες από τότε που στη δεκαετία του 1960 που τα ανακάλυψαν τα παιδιά των λουλουδιών , οι Καλοί Λιμένες με την υπέροχη αμμώδη παραλία, ο Λέντας, κι ο Κομός, ο Κερατόκαμπος και ο Τσούτσουρος.